Tokyo, 2039. Ayant profondément souffert de l'épidémie du virus Apocalypse, qui a fragilisé les bases de sa puissance dix ans auparavant, le Japon ne tient plus à présent que par le soutien extérieur de plusieurs pays, maintenu par le régime militaire du GHQ où la valeur de chaque vie est devenue insignifiante. C'est dans ce contexte que Shû Ôma, jeune étudiant mal dans sa peau, trouve dans son repaire Inori, chanteuse du groupe Egoist : la jeune femme, blessée, vient de dérober à Sephirah Genomics un précieux cylindre destiné à Gai, chef du groupe terroriste Croque-morts. Débusquée par les Anticorps, groupe d'intervention sous la direction du GHQ, Inori est enlevée et Shû, impuissant, décide néanmoins de terminer sa mission. Interrompu par une explosion alors qu'il rencontre Gai, Shû part à la recherche d'Inori, qu'il découvre ciblée par deux Endlaves (armures mobiles) alors qu'elle tentait de s'enfuir. En s'interposant pour la protéger de leurs tirs, le cylindre contenant le Void Genome se brise alors et confère à Shû un étrange pouvoir… 

Guilty Crown saison 1

01 - Genèse

02 - Le plus apte

03 - Echantillons

04 - Courant

05 - Entraînement

06 - Leucocytes

07 - Valse endiablée

08 - Cour estivale

09 - Proie

10 - Régression

11 - Résonance

 OAV - Réassortiment 

12 - Résurrection

Guilty Crown saison 2

13 - Cour d'école

14 - Elections troublées

15 - Déclaration

16 - Mon royaume

17 - Révolution

18 - Errance

19 - Rédemption

20 - Vieux souvenirs

21 - Eclosion

22 - Inori

 OAV - Guilty Crown: Lost Xmas - Un épisode dans la ville portuaire